20世纪50年代，在我国学术界发生了一场长达八年之久的米丘林遗传学和摩尔根遗传学的尖锐论争，在这场论争中北京农大首当其冲。

这场论争大致可划成三个阶段：

第一阶段：1949—1951年，以乐天宇为主要代表的米丘林学派以及一批苏联学者把苏联的“生物科学论战”引进中国，借以压制打击中国的摩尔根学派。李景均教授出走，引起教育界、学术界的震惊。为此，中央及时做出了正确处理。教育部以及孙晓村校长在扭转乐失误所造成的混乱局面方面作了卓有成效的工作，形势有所缓和。

第二阶段：1952—1955年，全国从上到下继续维护米丘林生物科学作为唯一正确的方向，坚持继续排斥压制摩尔根学派。特别是1952年4—6月间政务院文教委和中国科学院联合召开的三次座谈会及其后在《人民日报》（6月29日）发表题为《为坚持生物科学的米丘林方向而斗争》长篇文章，一方面批评了乐天宇在前一时期在宣传米丘林学说上的“学阀作风”、“非马克思主义倾向”，说乐是这方面“犯有教条主义和民族主义偏向的主要代表者”；另一方面又肯定米丘林学说与摩尔根学说“是不容调和的根本性的论争”，给摩尔根扣上“反动的”、“唯心的”、“为资产阶级服务的”等政治帽子，并号召全国对其“开展系统的批判，以米丘林生物科学彻底改造生物科学各部门”。

以官方名义在《人民日报》公开为这两个学说定性，此文尚属首次。它为后来一个时期维护米丘林学说的一统局面，全面推行米丘林学说方面起了重要作用。

此后几年里，坚持米丘林方向被作为北农大办学重要原则之一，只容许米丘林学说独家发展，曾一度宣称摩尔根学说在北京农大“已经灭亡”。有时学校负责人也曾力图扭转局势，但回天乏力，原因是有个紧箍咒——米丘林学说是唯一正确的方向。

第三阶段：1956年，中央提出“双百”方针。毛主席批评了用“一种学术压倒一切”的错误做法。1956年8月召开了全国遗传学座谈会（青岛会议）。一改几年来突出米丘林学派，压制摩尔根学派、肯定一方，否定一方的偏见，提倡学术上平等自由争论和发展。这次会成了全国也是北京农大学术思想史上的一个重要里程碑。沉寂几年的摩尔根学派开始与米丘林学派平起平坐、齐头齐进开展工作。建立了遗传I、遗传Ⅱ两个教研组，开始出现了学术工作的欣欣向荣的新局面。一条人为制造的鸿沟被填平。